Analogamente agli esseri umani, i servizi di fisioterapia e riabilitazione sono spesso essenziali dopo interventi chirurgici complessi, nei quali le cure post-operatorie rivestono un ruolo fondamentale. Questo processo comprende una vasta gamma di servizi, vari metodi di allenamento e esami pratici e lavoro sportivo con il cane o anche con il gatto. Molto frequentemente, viene sviluppato un piano di riabilitazione personalizzato. Durante la visita fisiatrica, vengono valutati i progressi dell'animale e viene proposto un piano di allenamento.
La redazione del piano di allenamento può richiedere un solo incontro, ma spesso il trattamento si estende su diversi mesi, con un monitoraggio costante, fino a quando l’animale non ha recuperato una funzionalità ottimale in base alla sua condizione.
La riabilitazione assume un ruolo di rilievo anche per gli animali con lesioni non trattabili chirurgicamente, poiché un adeguato percorso riabilitativo può ripristinare la funzionalità muscolare o scheletrica.
La fisioterapia e l'allenamento sono altresì essenziali per i cani impegnati in attività sportive e spesso vengono impiegati per gli animali che devono ritornare in forma e regolare la propria massa grassa, fungendo in pratica come una sorta di palestra. Nei reparti di fisioterapia e riabilitazione è comunemente disponibile una Water treadmill, che consente di allenare gli animali mentre camminano in acqua.