In medicina veterinaria l'impiego primario dell'endoscopia è quello della visualizzazione o della biopsia di organi, sebbene la tecnica si possa occasionalmente utilizzare per dilatare una stenosi, controllare un'emorragia, asportare un organo in parte o in toto, inserire una sonda o rimuovere un corpo estraneo. Si tratta di una tecnica di diagnostica per immagini che permette la visualizzazione diretta di distretti corporei altrimenti esplorabili solo con procedure chirurgiche invasive e dolorose. La strumentazione necessaria dipende dal tipo di endoscopia e dall'apparato da indagare, gli endoscopi sono tubi ottici muniti di microcamere che trasmettono immagini a uno schermo.
L'esame viene eseguito ponendo l'animale in anestesia generale. La minima invasività di tale tecnica permette un maggiore benessere del paziente con notevole riduzione dei tempi di ospedalizzazione. I benefici offerti dalle procedure endoscopiche sono rappresentati dalla sicurezza della procedura, dalla non-invasività, dall'assenza di dolore con conseguente riduzione dei tempi di degenza, e dalla possibilità di effettuare precocemente diagnosi più precise che consentono di stabilire trattamenti sempre più mirati ed efficaci.
